1978年12月，中共十一届三中全会召开，明确了以经济建设为中心，实行改革开放政策。这标志着一个新的历史时期的到来。80年代中后期，医药行业开始推行企业经理负责制，把先前的行政性单位转变为“自主经营、自负盈亏、自我制约”的经济实体。一些行政性公司如上海市医药工业公司被撤消。整个医药商业系统，开始按照“多渠道、少环节”制度设计进行流通体制变革。这一具有决定意义的变革，对计划经济体制下的“一级站、二级站、三级批”的层级调拨供应方式，是一次挑战。在医药商业企业内部，广泛推行承包经营责任制，以增强企业主动适应市场的应变能力、竞争力，推动企业真正成为市场竞争主体。
上个世纪90年代，随着我国社会主义市场经济体制的进一步确立，医药流通市场显现出极大的活力，一些流通企业表现出很强的扩张竞争性。90年代中后期，以上海为例，当时已经上市的上海市医药股份有限公司的负责人，力主上海强势医药流通企业“走出去”发展战略，并在安徽、江苏、浙江、贵州等地采取购并、重组措施，开创了品牌企业(上海)与当地企业的联合发展模式。作为国内最有影响力的零售连锁企业之一的上海华氏大药房，也在那时发起并领导了国内零售连锁企业的第一轮“跨区域”扩张运动。在深圳特区，中国零售连锁药店从这里开始起步，诞生了我国最早的一批连锁药店，如海王星辰、中联大药房、一致连锁等。1999年，原国家经贸委推出了《深化医药流通体制改革的指导意见》，在这份对于医药流通改革而言具有划时代意义的文件中，第一次明确表示允许民营资本进入医药流通领域。2000年5月，湖北九州通正式注册并开始运营，首创我国医药商业快批业态;也就在这一年的6月份，深圳友和平价药房开业，同年12月份，哈尔滨宝丰大药房“药品总汇”开业，开创了我国最早的平价药房新业态。从此以后，我国医药流通的变革被正式拉开了序幕，并呈现出以下三个方面的特点。
一、资本多元化
进入21世纪，医药流通领域国有资本一统天下的局面，由于民营资本的介入而被打破。国际资本、金融资本、产业资本，对医药流通领域的渗透力度加大。如有外资背景的永裕新兴在上海设立分公司，总代理国外新特药;国有资产背景的医药公司(尤其是上市公司)大力推进现代企业制度，完善公司内部治理结构，其中，厘清产权、股权结构，包括中央与地方的存量资产计量，地方政府中各个利益主体的产权纠葛等。而一直谨慎、低调地进行多元化扩张的国内民营资本大鳄复星实业，在此阶段，则通过参股国药控股、上海雷允上北区药材公司、上海药房，直接控股北京金象、复星大药房等资本运作，撬动了国内医药流通领域国有资本一统医药流通市场的单一格局。
2007年，由于整个国内医药流通企业受到风投等金融、资本市场的眷顾，海王星辰在美国纽约交所成功上市，九州通医药集团吸引国外6000万美金的风险投资，广州药业股份有限公司旗下的广州医药与欧洲联合美化有限公司组建中外合资公司(联合美化通过受让股权及投资方式取得广州医药50%股权)等，外资进入国内医药流通市场的步伐明显加快。2007年5月17日，上海医药发布公告称：旗下子公司上海沪中(经重组后)将与日本铃谦株式会社合资设立上海铃谦沪中医药有限公司。如果产权转让、交易符合国家有关规定，上海铃谦沪中医药股份有限公司将成为国内第三家中外合资公司。可以预计的是，随着金融资本对商业资本的渗透力度加大，特别是私募基金或境外投资机构的深度介入，则可能选择一些具有相当潜力的医药流通企业，推动其在境内外上市，从而使其股权结构变得更加复杂，更加具有国际竞争力。
二、竞争常态化
近年来，由于市场竞争的加剧和招投标、社区零差价与零利润配送政策的强制性推行，医药批发商业的利润率将越来越低(平均净利润率已低于一个百分点)，一些缺乏竞争力的小型批发商业遭到淘汰，而一些具有现代物流、信息技术支撑的大型医药物流商，将在市场上占据越来越重要的位置。在医改新政背景下，随着《国家基本药物目录》的强制推行及其制度性建设的进一步完善，大型医药商业将承担公共产品供应链中的物流、配送功能角色，社区医疗服务中心(站)和农村三级医疗机构，都将逐步纳入这个公共产品的供应链体系之中。具有不同资本控制力和业态特征的医药流通企业之间，将有一场生死之战。其中，在一要商业批发环节，将很有可能上演“国进民退”的一幕;而在医药零售环节，“民进国退”则已是定局。
根据现代企业竞争理论，企业与企业的竞争，表面上看是一个企业/产品与另一个企业/产品的竞争，但实际上却越来越表现为供应链与供应链之间的竞争。医药流通市场上的供应链竞争，如图所示：
在上述几个象限里，医院系统终端作为链主的高价—低效供应链在第二象限，平价药房(快批)作为链主的低价—高效供应链属于第四象限。当然，即使是同样的医院市场，也有为数极少的高价—高效供应链的存在(如外资生产企业主导的医院供应链);同样，即使在药店终端市场上，也会有高价—高效供应链存在(如一些品牌药企通过广告等营销整合主导的药店系统供应链);一些并不成功的平价药房、快批，也会主导形成低价—低效的供应链的链主。归结起来，低价—高效的供应链由“众多OTC或社区用药目录生产企业——配送分销商——低价零售企业(经济药房、社区医疗机构)——中老年慢性病、常见病患者等”构成，高价—高效供应链由“专利药和新特药生产企业——代理商(配送分销商)——二级和二级以上医院——大病患者、住院病人等”构成，这将形成医药流通市场供应链竞争的两大基本阵营。
除了前述按照“价格-效率”来区分供应链——低价-高效与高价-低效这两大供应链的竞争业已展开，此外，医药商业寡头背后的工业企业及其产品(包括OEM品种)，如上药集团的中西药业、信谊药厂(及其培菲康产品)等，国药控股公司的国内外品牌药企/产品及其OEM产品(包括深圳一致药业)等，它们的母公司或关联药厂、总代理品种等所指向的上游客户，以及其分销体系内的有资产关联或有业务、无资产关联的同级公司、直营或加盟的连锁药店等，构成了外表庞杂而实际上具有资产、业务关联的供应链体系之间的竞争关系。这种供应链的竞争，纵向来看，一方面表现为大集团、母公司、子公司、分公司之间的竞争，它们之中任何一家公司或产品的崛起或衰败，不仅将影响其供应链体系内的价值构成，而且还将决定不同供应链之间的力量对比，不久的将来，当这种竞争带来产业结构、资本结构的调整和变化时，竞争与合作将成为供应链竞争的主题，集群与集群、集团与集团公开或半公开的对垒将主导整个医药行业的市场竞争方向;横向来看，另一方面，这种供应链竞争将加速整个医药产业集中度的提高，越来越多的中小企业将难以为继，一部分被并购、重组或破产，另一部分将以各种方式成为几大供应链体系中的成员，从而凭借供应链优势参与新一轮的竞争。医药流通企业，无论愿意或不愿意，主动或被动，无一例外，都将置身于供应链体系中最重要的环节，成为链主、盟主或者支持者、同盟者。
