从1997年起，主管部门开始关注和研究“医药分业”的改革，至今经历了三个阶段：
第一个阶段：1997年至2002年。
1997年，为了重新规划我国医疗体系，《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》明确提出了“医药分业”的设想：“调整医疗机构收入结构，降低药品收入在医疗机构收入中的比重，合理控制医药费用的增长幅度，医疗收支和药品收支实行分开核算、分别管理。”此次改革的目的在于调动医护人员的从业积极性，同时打破平均主义。不过，《决定》虽然提出医疗收支和药品收支的分开核算、分别管理，但并没有规定谁来核算、谁来管理。
直到2000年，原国家体改委等八部委联合下发经国务院批复的《关于城镇医药卫生体制改革指导意见》，明确提出了改革方案，医药分业步入了实际操作阶段。《指导意见》明确提出，解决当前存在的以药养医问题，必须切断医疗机构和药品营销之间的直接经济利益联系。在逐步规范财政补助方式和调整医疗服务价格的基础上，把医院的门诊药房改为药品零售企业，独立核算、照章纳税。可先对医院药品收入实行收支两条线管理，药品收支结余全部上缴卫生行政部门，纳入财政专户管理，合理返还，主要用于弥补医疗成本以及社区卫生服务、预防保健等其他卫生事业，各级财政、卫生行政部门不得扣留或挪作他用。各地区要选择若干所医院积极进行门诊药房改为药品零售企业的试点，取得经验后推开。社区卫生服务组织、门诊部及个体诊所除可经销由省级卫生、药品监管部门审定的常用和急救用药外，不得从事药品购销活动。
改革的目的是使医院的财政主要来自于财政补助和医疗服务收费，而药品收支则完全由上级财政进行管理。这份《指导意见》的出台距1997年已经过去了3年，接着又过了2年，到2002年，国务院下文选取西宁市、青岛市、柳州市3个具体城市进行试点工作。
有关部门根据国务院《关于完善城镇职工基本医疗保险制度和医药卫生体制改革试点工作有关问题的会议纪要》，研究制定了《关于完善“三项改革”试点工作的指导意见》。指导意见中明确提出试点的基本任务是以门诊药房与医院脱离为切入点，实行医院与门诊药房脱离的改革，切断医院与药品经营企业之间的经济利益联系。同时明确了试点的时间安排：2002年5月至7月试点城市制定试点方案并报批，8月开始组织实施。实施阶段的工作安排原则上由各试点城市确定。
第二个阶段：2002年底至2005年中期。
这一时期的主要工作是围绕着“医药分业”试点展开和实行，但就试点情况没有具体的讨论和报告，阶段成果不显著，没有后续评价和总结。
在此期间，国家发改委进行了大量对流通环节医药价格的平抑工作，但药品流通80%以上在医院，医生开药意味着病人必须买单，单方面降低药品的出厂价格并不能从根本上解决药价过高的问题。
2004年发改委负责人就医药价格问题答记者问时，有记者指出流通环节的差价是药价虚高的直接原因，发改委负责人直言不讳地提到了药品价格过高背后的体制和机制问题。其中重要的一点就是“以药养医”的补偿机制，使药品销售与医疗机构和医生之间发生直接的经济利益关系。并再次重申了医药分业改革的必要性，“从根本上解决医药价格问题，除了要进一步完善药品价格监管政策，还应推进体制改革，实行医药分业经营”。
第三个阶段：2005年7月至今。
这一阶段的总体特征是，现行卫生体制受到多方质疑，新的医疗体制正在酝酿。2005年7月，国务院发展研究中心《对于中国医疗改革的评价与建议》见诸媒体，这份报告提出中国的医疗卫生体制改革“从总体上讲是不成功的”。一石激起千层浪，社会各界纷纷对医疗改革进行质疑。
同年8月，卫生部网站上发表了高强部长关于医改思路的文章，文中再次提出了改革“以药补医”的机制，调整医疗收费价格，完善医疗机构经济补偿机制和药品价格管理机制，引导医生根据患者病情合理用药，从源头上抑制医药费用过快增长，减轻群众医药费用负担。报告透露，卫生部正在拟订《关于深化城市医疗服务体制改革试点的指导意见》，正在确定试点城市，这意味着新的试点方案已经有定论，但具体的施行方案还没有出台。
2006年2月，吴仪副总理和发改委副主任王春正在全国城市社区卫生工作会议上的讲话中，都提到了社区医院要积极推行“医药分开”。
医药分业改革只是整个医疗保障制度改革的一个环节，但由于它直接改革的是提供医疗服务的医院，面对的是最终享受医疗服务的患者，所以其成功与否直接关系社会的和谐与稳定。
国家提出“医药分业”至今，还处于试点探索的阶段。各个试点城市由于自身的情况，对于“医药分业”改革的接受程度不相同，改革的进程不相同，采取的方法也不尽一致。
推荐阅读：
孕妇猝死两百人向医院讨说法
眼保健操已经过时了？ 专家回应三大质疑
药品批号纯属虚构 网上卖药基本上是假的
（责任编辑：胡江）
