本于维护人的健康价值，保障海峡两岸人民健康权益，促进两岸医药卫生合作与发展，海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会就两岸医药卫生合作事宜，经平等协商，达成协议如下：
第一章 总 则
一、合作领域
双方同意本着平等互惠原则，在下列领域进行交流合作：
(一)传染病防治;
(二)医药品安全管理及研发;
(三)中医药研究与交流及中药材安全管理;
(四)紧急救治;
(五)双方同意的其他领域。
二、合作方式
双方同意以下列方式进行医药卫生业务交流与合作：
(一)推动业务主管部门人员定期工作会晤、考察参访、技术交流及举办研讨会等;
(二)交换、通报、查询及公布相关业务资讯、制度规范及实际运作措施;
(三)双方同意的其他合作方式。
三、联系主体
本协议议定事项，由双方相关业务主管部门指定的联络人相互联系实施。必要时，经双方同意得指定其他单位进行联系。
本协议其他相关事宜，由海峡两岸关系协会与财团法人海峡交流基金会联系。
四、工作规划
双方同意分别设置下列工作组，负责商定具体工作规划、方案:
(一)传染病防治工作组;
(二)医药品安全管理及研发工作组;
(三)中医药研究与交流及中药材安全管理工作组;
(四)紧急救治工作组;
(五)检验检疫工作组;
(六)双方商定设置的其他工作组。
各工作组应于本协议生效后三个月内召开会议，商讨资讯交换和通报项目、内容、格式、频率及联系窗口等相关事宜。
必要时，各工作组得商定变更相关事宜，并得另设工作分组。
第二章 传染病防治
五、合作范围
双方同意就可能影响两岸人民健康之传染病的检疫与防疫、资讯交换与通报、重大传染病疫情处置、疫苗研发及其他事项，进行交流与合作。
传染病范围、类别依双方各自规定及商定办理。
六、检疫与防疫措施
双方同意依循公认检疫防疫准则所规范的核心能力，加强合作，采取必要检疫及防疫措施，避免或减少传染病传播至对方。
双方同意对在己方发现对方的疑似或确诊传染病病人，进行适当处置或协助返回原居住地治疗。
七、传染病疫情资讯交换与通报
双方同意平时应以书面方式定期互相交换传染病疫情及卫生检疫等资讯。
双方同意尽速通报可能或已构成重大突发公共卫生事件的传染病疫情，并持续沟通及通报相关资讯。如接获对方查询时，应尽速给予回应与协助。
重大疫情通报的内容，包括病例定义、实验室检验数据、疫情来源、病例数、死亡数及采取的防治措施等。必要时，双方得商定变更通报内容。
如有对方人民在发生重大疫情方受感染的资讯，该方应通报对方。
八、重大疫情处置
发生重大疫情方，应即时采取有效监测及处置措施;必要时，得请求对方积极提供协助。
发生重大疫情方，于对方请求时，应提供疫情调查情况，并积极考量协助对方实地了解疫情。
九、共同关切的传染病防治交流与合作
双方同意就共同关切的传染病防治策略、检疫标准、处置措施及其实务演练、检验技术与实验室标本以及疫苗研发等，进行交流与合作。
