13日，北京在确认发现首例H7N9禽流感疑似病例后，已做出部署全面加强防控。
北京市卫生局副局长、新闻发言人钟东波说，北京市成立突发公共卫生事件应急指挥部，启动人感染H7N9禽流感防控指挥部，下设监测组、医疗组、流调组、物资保障组、宣传组、畜牧兽医组、社会防控督导组等。
北京市卫生部门加强对医疗机构和高危人群的流感样病例监测，由社区对四类高危人群（禽类饲养、屠宰、储藏、运输人员；禽类交易经营人员；公园禽鸟养殖人员；动植物保护和候鸟监测人员）实施健康监测，启动55家传染病网络实验室，对流感样病例实施人感染H7N9禽流感病毒筛查。
记者了解到，北京市药监部门正严格监控市场，做好药品储备，以200万人份为单位储备达菲。北京市商务部门牵头成立物资储备组，做好社会面防控防护物资储备。北京市中医局组织中医专家介入临床治疗，积累经验，完善治疗方案，必要时启动中医药预防性服药。
北京市农业局表示，北京严格取缔各类有形无形的活禽市场，停止活禽交易，停止信鸽放飞，由农业和园林等部门加大对禽类（野禽）进行监测。
北京市农业局副局长刘亚清说，为防止候鸟迁徙过程中，候鸟的粪便感染北京市的家禽等，北京市农业部门对北京市的养殖场加了防鸟设施。北京市27个公路、3个铁路和1个航空动物防疫监督检查站，全部加强了对进京活禽的检疫和监督。截至目前，北京地区目前未发现动物感染H7N9禽流感。下一步，北京市农业部门将继续强化动物疫情的观察报告、高风险人群生物安全的监控等。
针对当前的禽流感疫情，北京市教育部门要求中小学加强疫病防控，坚持晨午检制度。若发现疑似或确诊病例，须1小时内上报。在校人员一旦出现发热、咳嗽等类似流感病征，尽可能不上课、不上班，并及时就医。此外，部分学校已建立学生缺课电话回访制度。
